Στην αρχαία Ρώμη αποκαλούσαμε καίσαρα από το de caedere (μτφ:κόβω) κάθε παιδί που γεννιόταν με εκτομή της μήτρας.
Ο όρος καισαρική τομή δεν προέρχεται από τον αυτοκράτορα Ιούλιο Καίσαρα όπως θα πίστευε κανείς. Σύμφωνα με την παράδοση, σε ένα μακρινό πρόγονο του Ιουλίου καίσαρα είχε δοθεί αυτό το παρατσούκλι σαν υπενθύμιση του τρόπου της γέννησης του, το οποίο πέρασε από τη μία γενιά στην άλλη φτάνοντας μέχρι τον Ιούλιο Καίσαρα που από παρατσούκλι το έκανε κανονικό όνομα.
Η καισαρική τομή ήταν μία επέμβαση που χρησιμοποιούταν συχνά από την αρχαιότητα, αποκλειστικά όμως σε γυναίκες που μόλις είχαν πεθάνει λόγω των δυσκολιών του τοκετού. Την πρώτη φορά που επιχειρήθηκε σε μια ζωντανή γυναίκα ήταν το 1500 στην Ελβετία. Ο χοιροτρόφος Ζακ Nιφέρ ζητά από τις αρχές να του επιτρέψουν ένα τεχνητό τοκετό για τη γυναίκα του, για την οποία οι γιατροί είχαν αποφανθεί ότι θα ήταν αδύνατο να γεννήσει με φυσιολογικό τρόπο. Πέτυχε στο εγχείρημα του, η γυναίκα του επέζησε και μάλιστα είχε κι άλλα παιδιά με τον ίδιο ακριβώς τεχνητό τοκετό, κάνοντας δηλαδή μία καισαρική -σε μία περίοδο όπου η νάρκωση δεν υπήρχε ακόμα. Μέχρι τον 19ο αιώνα πέντε στις έξι φορές το εγχείρημα αποτύγχανε και η γυναίκα πέθαινε.
Μετά το 1880 η κατάσταση άλλαξε ριζικά παραμένοντας όμως επικίνδυνη επέμβαση .
Από τη δεκαετία του 1920 η καισαρική γίνεται μία συνηθισμένη εγχείρηση χωρίς ιδιαίτερο ρίσκο.